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西尔维亚plevritis:通过数据更好的癌症治疗

大数据正在重塑医生如何 - 和患者 - 了解癌症,并在这个过程中,将提供更清晰的指导,关心的最佳方法。

Abstract illustration of a woman in a lab coat silhouetted against scientific imagery, hexagons, code

计算科学已经成为对抗癌症的一个重要组成部分。 | sciencesource /罗伊·斯科特

生物医学数据科学家 西尔维亚Plevritis 是在当今隐藏在数据中的显着量的癌症风险和治疗方案计算模型的专家。

很少是由一个单一的突变的肿瘤,她说,但更常见的不同突变的混合。这种异质性肿瘤可能需要药物的复杂组合,以产生最有效的治疗方法。这就是电脑可以提供帮助。

用数学模拟,plevritis帮助患者和医生了解特定癌症的用于鉴定取得成功的一个更好的机会药物组合的目的基因构成。一些模型plevritis作品具有可在一小时或更短的时间内运行,但返回,可以节省病人的生命宝贵的指导。

plevritis说,这些计算方法甚至可以帮助那些没有癌症理解其内在的遗传风险评估的其他筛选或降低风险的措施是否以及何时是必要的。

我们的主持人 拉斯·奥尔特曼 和生物医学数据科学家西尔维亚plevritis因为他们潜入电脑和癌症治疗的有希望的交集。你可以听的一切对未来 天狼星XM洞察通道121除了上班 还有什么可以挣钱谷歌比赛的SoundCloudSpotify的订书机 或通过 除了上班 还有什么可以挣钱.

拉斯·奥尔特曼: 今天的一切的未来:癌症的未来。现在,我不认为我需要告诉任何人癌症是一种可怕的诊断,它每年杀死全世界数百万美国人和人民。乳腺癌,肺癌,前列腺癌,脑癌,这些事情,人们担心和恐惧,遗憾的是太多的人患。

现在癌症的某些地区已经看到了治疗,检测和治疗惊人的进步。霍奇金病,某些类型的白血病,即使是这些常见的:乳腺癌,前列腺癌,已经看到了一些进展。但许多人仍然难以治疗。

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现在不管你信不信,我敢打赌,你,你会相信这一点,电脑已经成为对抗癌症的一个重要组成部分。我不认为我们应该完全惊讶,因为我们已经看到电脑革命性的许多领域。但你可以用电脑来模拟与癌症相关的分子和细胞的变化,找出什么地方出了错,然后模拟处理,看看有什么可能的工作。你可以在临床水平使用它们说谁应该我们筛选,这将是 - 如果我们有这样的政策,策略X,你会这一政策意味着我们将捕获的案件数量,我们会治愈的人数?这将是值得社会的投资做这种筛选程序?你也可以使用这些计算机算法做出处理,筛选,所有这些事情的艰难决定。

今天好我的客人是Plevritis教授西尔维亚。她在手机赌博赌场生物医学科学数据和放射学教授,她也是生物医学数据的椅子。西尔维亚,大数据是怎么了,因为人们一直在呼吁的,是如何改变着癌症研究。它就像它的改造社会的其他很多方面的方式,数据在哪里带来新机遇的可用性?

西尔维亚Plevritis: 哦,绝对的。拉斯,首先,感谢你邀请我。这实在是令人兴奋的是在这里。绝对的,这么大的数据是在癌症研究中的许多不同的方式变革。首先,我们正在收集,通过临床记录,数据上纵向患者。并且它是一种的方式做到这一点对谁正在经历常规护理,而不是在临床试验设定的患者首次样的实验的。所以我们有几分记录观察和我们以前从未做过的方式联系起来。和我们正在做的另一件事是,例如,用于癌症患者的肿瘤中,我们更加深刻地剖析他们。所以对单个肿瘤,对个别病人,我们正在收集我们称之为multiomic数据。

拉斯·奥尔特曼: multiomics?

西尔维亚Plevritis: multiomics。

拉斯·奥尔特曼: 什么意思呢?

西尔维亚Plevritis: 是啊,所以它的不同类型的组学的。等我们的基因组,这可能是突变,转录,表观基因组甲基化水平。我们有蛋白质组数据。而我们也收集翻译后修饰高吞吐量的数据。他们不是在组学的水平相当,但他们到达那里。

拉斯·奥尔特曼: 所以当你说翻译后,这意味着一种蛋白质制成后的细胞有向其作出修改,可能影响其功能或它是癌症生长的重要性。

西尔维亚Plevritis: 究竟。磷酸化,糖基化,很多的事情,我们真的只是新技术观测了。

拉斯·奥尔特曼: 在那里的癌症领域,其中这是标准的照顾,或者是这仍然研究初期,但它没有达到病人在社区?

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拉斯·奥尔特曼: 在一个好办法吗?

西尔维亚Plevritis: 在一个好办法。每字面上像纹技术,我们确实已全面建立新的肿瘤,这些板有科学家计算他们。要尽量利用我们所知道的,并尝试关于信号通路更具有战略意义。不是人们不战略,但在他们的战略方针,更富有创造性,以试图了解这个肿瘤是真的做,它是如何建立及其防御机制。

拉斯·奥尔特曼: 所以让我回去,因为你说了一些东西,我想确保它的明确的规定。所以首先,告诉我一个肿瘤委员会。什么是肿瘤板?并告诉我他们曾经是像了,他们说,这些天什么。

西尔维亚pleviritis:是啊,这是一个很好的问题。所以肿瘤板是由各种用于管理患者的临床医生。所以你必须从肿瘤科,放射科医生每个人,甚至麻醉师,护理的每一个点,一个癌症患者的经验排序。你有谁进入一间带其他人,并通过综合评估而来的专业。

拉斯·奥尔特曼: 所以这是确保没有尖叫声贯穿裂缝,并且每个人都在同一页上关于这个病人治疗计划?

西尔维亚pleviritis:对,这是综合护理模式。所以护理的协调是非常重要的通过,并讨论和不同的观点,并且我们来自不同领域的拾遗,我们可能纳入个别病人的管理是什么。也许有新的人选试验证据带来纳入讨论。这些肿瘤板和正在发生变化,他们变得非常分子也为本。

拉斯·奥尔特曼: 我懂了。

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拉斯·奥尔特曼: 所以你实际上可能在你的肿瘤委员会作出贡献的计算机科学家?

西尔维亚pleviritis:当然。

拉斯·奥尔特曼: 所以这听起来像一个改变我。那是因为这个数据是不是那种数据,传统的临床医生只需看一个简单的图形或简单的图表,并说哦它变得更好,或者它越来越差。这些都是必须完成相当复杂的分析?

西尔维亚pleviritis:对,所以你在想什么是真正的肿瘤,从某种细胞途径和细胞 - 细胞相互作用的视角发生,所以它的个体中的肿瘤的一个更复杂的表型,了解你真正想去了解和尝试根除肿瘤。

拉斯·奥尔特曼: 这是 一切的未来, 我是拉斯·奥尔特曼。我所说随着Plevritis关于西尔维亚教授癌症临床治疗的癌症,并形成团队,以确保获得最佳的患者,治疗的新途径。现在还有一件事,我想问问你是你提到关于multiomics,你说基因组学,转录,所有这些类型的分子测量的。这些都是一种测量,但它是如何帮助病人?那么你从这些学习可能测量导致治疗的变化?

西尔维亚Plevritis: 现在我们真正使用是肿瘤的突变轮廓。这就是真正可操作的,所以有药物特异性突变后去。

拉斯·奥尔特曼: 所以你看到的突变,并说:这意味着药物x是更有可能比药品Y的工作,让我们一起去X?

西尔维亚Plevritis: 对。但我们也知道,肿瘤确实是异构的,而且并非所有可能的细胞具有突变,也可能有更多的报价引文结束驾驶突变。并且该突变轮廓本身不是肿瘤对给定药物的响应的唯一指示符。等更基础科学方面,我们正在寻找肿瘤排序推断的是,其他机制。甚至有通过药物的抗性诱导。它可能不是由突变驱动,它可能是更后生或通过这些翻译后修饰。所以我们认识到,有一种超越的突变景观的复杂性,我们需要明白,复杂性,了解抗药性的机制,然后思考如何以抗击耐药性的那些机制。

拉斯·奥尔特曼: 是的,我很高兴你提到ESTA因为我想问问。我注意到,你出版了有关准备药物组合的论文,因此,在医学的许多领域和癌症绝对是其中之一,我们了解到,有时它是更好地打击这种疾病有超过一种药物在同一时间。你可以在同一时间种得到两个或三个镜头。所以告诉我,什么是联合治疗癌症以及如何做你的工作帮助通知的种类它的挑战是什么?

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拉斯·奥尔特曼: 所以它可能不是联合批准,即使每一个单独?但医生被允许进行这些的组合?

西尔维亚Plevritis: 对,他们是。它的脱靶使用,但是当你把药合用时,可以肯定,这是一个有效的组合,你想运行的临床试验。现在想想这个问题的组合数学。在临床试验中设定每一种组合,人们说我们没有足够的患者的免疫治疗做所有这些临床试验测试所有的组合,尤其是现在。从而构成以计算科学家的问题是:我们如何能够拿出更可能的组合,组合更可能是有效的,所以,当我们做这些试验中,我们就更有可能获得成功,或许我们可以做试验以更有效的方式。

拉斯·奥尔特曼: 因此,要使他们通过律师计算你开始让他们接触到患者之前?

西尔维亚Plevritis: 究竟。所以我一直在这个问题很感兴趣,而且我也一直有意排序想着当你考虑到肿瘤的异质性什么样的组合放在一起的。通常情况下,所述组合是有直接对抗的事实,所述肿瘤是异质的。所以你可能会想:没关系,肿瘤可能有不同的驾驶突变,这样才有意义。但是我稍微考虑一下从不同的角度。我认为,所述肿瘤具有不同的细胞,和不同的细胞类型,并且使得该组合可能在肿瘤中靶向不同的细胞类型。所以我的实验室做的工作是什么样的特点是在肿瘤的不同细胞类型,以及如何在这些不同的细胞类型响应的各药物?等等,当然,当你把你处理所有细胞,同时肿瘤,但是当你考虑在什么样的不同的细胞类型是在肿瘤方面的异质性,我们可以证明,这实际上是一个估计肿瘤的一组给定的药物或药物组合的响应的更准确的方法。

拉斯·奥尔特曼: 这是 一切的未来, 我与教授西尔维亚plevritis关于癌症而现在,癌症化疗的组合讲话。所以你有你的成绩,你在你的计算模型很努力,还挺有道理,你这些不同的细胞群后去,有多难说服执业肿瘤科医生拿你的想法吗?做他们需要具有一定规模的临床试验或他们有时会说:好吧,这是有道理的,我想给它一个尝试,因为我没有看到太多的缺点?什么是你的翻译基础研究灵感和洞察力到临床实践的过程?

西尔维亚Plevritis: 哇,这是一个很大的问题。因为我在中间的那个现在。和我很高兴尝试翻译一下。特别ESTA研究,让你“再参考我们正在考虑为单独基于单细胞分析确定组合。我一直在努力做的概念真正的证明。就像我们所做的事情是,我们有点没概念的理论证明,当我们把存档样本。而这是在儿科的所有方面,并跨越的药物筛选主机这些样品。并将所收集的数据。

拉斯·奥尔特曼: 这些都是在这样的菜,从字面上?他们是在一盘菜?

西尔维亚Plevritis: 是啊所以这是一个恶性血液疾病。你培养细胞,然后你将其暴露于药物,然后看看你的细胞信号传导档案之前,他们接触到了毒品,然后经过他们暴露在药物。在我们的例子中,我们真正关注的短期刺激,所以像30分钟或一个小时,也许几个小时,刺激。所以我们得到这种短期的刺激,我们期待在在每个单独的药物的个体细胞水平的变化在信令,以及我们采取的信息看:这些靶向药物是什么,我们希望他们的目标?是它们具有所需的细胞间的效果?因此我们开发标识的药物,或实际上其组合更具体的计算模型,其中药物组合最小,具有最大期望细胞间的效果。

所以我们在这种类型的理论研究中的发现,我把它称为理论,因为我们采取了归档的样本,这些患者样本。患者得了其他药物,要知道,这是他们五岁加上患者样本。我们暴露他们这些新药那些刚刚出来到现在的市场。我们作出的评估其中的组合将是最适合这些患者,以及有趣的是,我们发现,绝大多数的患者,对他们的一半,这将是这两种药物。对,几乎是另一半,这将是这两个药物的工作之一。但随后的一个非常小的群体,比如10%,这将是一个完全不同的药物。所以这是非常有趣的是,你有这个频谱。你知道,在临床试验中...

拉斯·奥尔特曼: 而进入这一点,你可以说是这些孩子都一切,我们无法看到它们之间的许多不同之处。但随后在分子水平上,你让他们 -

西尔维亚Plevritis: 在信令水平。

拉斯·奥尔特曼: 划分为这些非常不同的群体。

西尔维亚Plevritis: 是啊,所以在信令层面,我们所看到的分区。所以现在我们正在与不同机构的同事合作来实际测试,他们正在测试的组合。做概念的真正的证明。所以我们不打算挺到患者尚未做出决策对个体患者,但我们正在积极,我们现在是一组特定的患者,AML患者在这种情况下,越来越组合设立一个研究治疗,我们要做到这一点并行。所以我们要猜我们认为是正确的,像在这种情况下,如果他们本来更适应一种药物,其他药物,或者该组合,但我们也将测试其他药物的病人没有得到。

拉斯·奥尔特曼: 所以这真的捆绑一切融合在一起,“因为现在我可以看到,所有这些组学测量允许你来描述这些患者,然后根据该子集,你看到基于您在看到的功能,你可以做基本上非常个性化的治疗方法该患者而不是仅仅基于整体统计。

西尔维亚Plevritis: 究竟。

拉斯·奥尔特曼: 这听起来像你已经发现了一些临床合作者谁是至少愿意考虑真实患者实症实时这样做。

西尔维亚Plevritis: 是的,这是非常令人兴奋。

拉斯·奥尔特曼: 这是 一切的未来, 我是拉斯·奥尔特曼。多与博士。西尔维亚plevritis关于癌症并移到筛选,接下来就siriusxm洞察力121。

欢迎回到 一切的未来, 我是拉斯·奥尔特曼。我与有关癌症治疗和检测的未来教授西尔维亚plevritis讲话。所以在我们的讨论的第一部分,我们谈到了这个分子的东西,以及如何使用这些惊人的方式来获得个性化的治疗方法。你已经在另一个工作区,但是,是的筛查和早期诊断的影响计算模型。所以告诉我,什么是大的挑战?它似乎很明显,你知道的。当然我们想要的屏幕,我们当然想尽快找到癌症,因为那样的话我们就可以得到医生和治疗开始他们。它比这更复杂?

西尔维亚Plevritis: 在一个水平上,不,这不是要复杂得多。我们想及早发现癌症。这是一个更复杂的疾病,很容易治愈,这是更本地化。所以它不是比这更复杂。但它是一个复杂的问题,因为筛选是一个人口水平的干预。并且在本身的群体水平引入干预是一个复杂的过程。所以当我们思考什么是在谁应该我们筛选条件最好的筛查指南,我们时应筛选一下,像什么年龄应该在我们开始筛选他们,我们什么时候应该停止筛选他们,我们应该多久屏幕呢?每年,每两年?它成为不大不小的政策问题。喜欢什么就群体水平的最好的事情?

拉斯·奥尔特曼: 我猜你是平衡的费用,有人在支付这一切的筛选,而且在健康人群中受益,而那些可能并不总是在同一方向走了。

西尔维亚Plevritis: 这就是在讨论复杂的一部分。那么,什么我的实验室试图做的就是尽量量化的好处。所以我们已经差不多20年了,现在造型的影响,筛查干预对降低死亡率。所以我们有仿真模型,我们可以回答这样的问题:如果你没有筛选,会是什么的死亡率一直?

拉斯·奥尔特曼: 哇哦。那真的会信息为政策制定者和希望它一直没有坏消息。所以你一直在寻找?

西尔维亚Plevritis: 所以筛选齐头并进配合治疗。当你的屏幕的话,你也必须衡量什么人会在的时间内得到处理,比方说,屏幕检测。或者如果他们在筛选的时候错过了,他们在我们所谓对症检测的时间得到什么处理。所以你想想筛选的好处,你必须考虑的事实,处理正在推进为好。由于筛查是有益本身后你对待病人。

拉斯·奥尔特曼: 没错,你不只是做它的乐趣。

西尔维亚Plevritis: 那么它不是你没有做它的乐趣,治疗效果随时间变化了。我们有新的治疗方法是分子特异性的,因为我们谈到那种在第一部分。所以你想想筛选的好处,我想指出的一点是:伟大的,你的屏幕患者早期发现,但现在你必须对患者进行治疗,以及如何有效的治疗方法是什么?这些这样的事情携手总死亡率降低手。

拉斯·奥尔特曼: 那么我现在听到的是它可能是一个筛选程序非常有意义的的一段时间,但随着功能的改变治疗,筛查程序可能会或可能不会在其成本效益改变,或者是否真的希望,是一种可能性?

西尔维亚Plevritis: 所以一些人拥有这些谈话,现在,这些都是复杂的对话:检查和治疗之间的相互作用。他们是复杂的对话。我们的计算机模型我们试图做的是居然取笑除了那些在群体水平。当我们回答这个问题筛查对降低死亡率有什么影响,我们也回答这个问题影响治疗有什么。如果我们运行这些仿真模型,假设你没有屏幕的人口,但你已经在处理所有这些进步,你会降低死亡率一直?或者如果你从未有过治疗的进步,你真的不得不在筛选只有这些进步已经降低死亡率本来。通过这些类型的反分析我们能够梳理出的贡献,并检查和治疗之间的相互作用。

拉斯·奥尔特曼: 然后这些信息去谁?谁是决策者谁然后说:谢天谢地博士。 plevritis做这项研究,我们现在要去做出这个决定?是联邦调查局还是个体医疗机构的组织?谁的行为对这些建议吗?

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拉斯·奥尔特曼: 这是 一切的未来, 我是拉斯·奥尔特曼。我与有关的计算模型筛选教授西尔维亚plevritis讲话。让我们走,我敢肯定,人们都在猜测,这里是最有人对筛选可好?哪些已经建立,每个人都应该做的,哪些是人们仍在试图找出最好的做法应该是什么样的人?

西尔维亚Plevritis: 啊,这是一个很大的问题。所以,我要说最活跃的领域之一是越来越个性化的筛查指南。因此,而不是ESTA那种一刀切,真正思考个人,可能需要有更多不同类型的筛选或筛选试验,可能是多一点比别人侵犯作者世界卫生组织和其他人并不真的需要大量的筛选或者更多罕见的筛选。

拉斯·奥尔特曼: 这就好比家庭历史和遗传学的组合基础上?

西尔维亚Plevritis: 究竟。

拉斯·奥尔特曼: 它说你有很多的癌症在你的家人,我们认为应该密切关注你,对有在两三代人一直没有癌症,你应该担心你的心脏发作,不是你的癌症或随你?

西尔维亚Plevritis: 是啊,它的行为也一样,如果他们吸烟。所以有行为风险修饰符我们也考虑除了你提到的那些。

拉斯·奥尔特曼: 所以我敢肯定的是,你并没有明确提到这一点,但隐含在你的意见是,当你筛选一个,我不知道,如果我们想称之为灾难场景,但一个不好的事情会我们所说的假阳性。所以你得到的筛选测试,它回来正面。和通常然后有一个后续的测试这通常是更昂贵和更精确的看到,如果你真的有这个问题。但对于谁是曾经有一个积极的筛选试验,当你发现这个积极的,然后当你得到后续可以非常紧张的时期任何人。我知道您一直在尝试告知患者,你甚至创造出了一些网上的资源,来样帮助教育他们的选择和状况的患者。你能告诉我这几样的网上资源的一点点帮助患者教育?

西尔维亚Plevritis: 当然。所以只是误报一点点。这是一个非常复杂的领域。所以,当我们创建这些模型,我们一些负效用与误报关联。但是这是非常有耐心的具体,太。有的患者会愿意接受误报,如果他们知道,因为他们有筛选考试,另一名患者受益,他们的生命得救了。所以我们如何刻画误报是非常复杂的,而且我认为我们真的需要跟患者,了解他们的经验是如何与涉及误报。

拉斯·奥尔特曼: 它是一种个性化的同一主题的。

西尔维亚Plevritis: 究竟。

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所以我们给他们一个工具来帮助他们,在给定时刻,想想他们是在给定的年龄,他们有一个给定的风险因素,如BRCA基因突变,他们有不同的选择在他们前面。那种等待,有点束手无策,屏幕,做预防性的过程。然后我们告诉他们什么是他们的下游风险方面这一决定的后果。在某些情况下,他们可以等待一段时间或者他们没有在未来五年承担,其风险是不会改变显著。但在另一些情况下,他们可能需要采取行动,“事业未来五年有什么在他们前面有,如果他们不采取行动,相关的更大的风险。

拉斯·奥尔特曼: 这被用来在那里?

西尔维亚Plevritis: 它被用来在那里。

拉斯·奥尔特曼: 你可以给我们的网址是什么?

西尔维亚Plevritis: 是的,所以它的brcatool.stanford.edu。

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西尔维亚Plevritis: 是的。

拉斯·奥尔特曼: 和你得到任何反馈?

西尔维亚Plevritis: 大量的反馈。我们不得不迄今约有45名网友,我们必须从人的邮件发送给我们遍布全国乃至国际ESTA已经给他们很大的帮助,这帮助他们ESTA了解他们自己的风险和管理风险。所以这是非常令人满意获得电子邮件和ESTA世界卫生组织个人觉得蒸馏的方式,他们可以理解它这个复杂的信息反馈这些。

拉斯·奥尔特曼: 除了上班 还有什么可以挣钱 一切的未来, 我是拉斯·奥尔特曼。如果您错过了这个情节,随时监听与siriusxm应用需求。